Si tu hosting lo permite, siempre es buena idea usar sftp y scp en vez del tradicional ftp, ya que este último transmite los datos sin cifrar, incluso el usuario y el password van en abierto.

Además, las versiones seguras tienen una ventaja añadida y es que puedes enviar los datos, además de cifrados, comprimidos, de forma que ocupen mucho menos. Por ejemplo, usando scp, basta con añadir el parametro -C.

scp -C fichero usuario@maquina:carpeta
scp -C bash-2.05b.sh [email protected]:/usr/ports/shells/bash2