Cerrar los puertos es una acción vital para la seguridad de tu sistema. Por ejemplo, para que nadie de fuera de tu red pueda acceder al puerto 139, es decir, las carpetas compartidas con maquinas windows, necesitas el siguiente comando, siendo ppp0 la interfaz a internet propia de los ADSL, si tienes cable posiblemente lo adecuado para ti sea eth0.

iptables -A INPUT -i ppp0 -p TCP --dport 139 -j DROP